iTunes ConnectのマイAppのバンドルID(Bundle ID)を変更する。

iTunes Connectで登録したマイAppのバンドルIDはそのアプリがストアで公開される前であれば変更できます。（幾つかのサイトで変更できないといった記述が見受けられたがそれは誤りです。）
下記の通りiTunes ConnectのマイAppから当該Appを開いてメニューから その他>このAppについて を選択するとバンドルIDを変更できるダイアログが開きます。